Використання полімеразної ланцюгової реакції для ідентифікації бактерій родів bacillus і klebsiella

Abstract

Нами за допомогою методу полімеразної ланцюгової реакції проведено контрольну ідентифікацію штамів Bacillus subtilis: 090, 091, 092 (перспективні для розробки на їх основі біопрепаратів вибіркової дії); 1106, 1109, 1110 (музейні культури); Кр601, Мр 92, 81 (ізольовані з ґрунту); 572, 94, 51290, 53102 (виділені із проб стічних вод і повітря агроекосистем Закарпатської області); 1ТСL3 (ізольований із умісту кишечника курчати) та клінічних і музейних культур Klebsiella rhinoscleromatis 230, 30; K. pneumoniae 3785, 5054, K. planticola 33558, 33531; K. terrigena 80-07 – всього 13 штамів. REP-ПЛР аналіз дозволив виявити генеральну родову і видову спорідненість більшості досліджуваних культур бацил, що підтвердилось і при використанні методу риботипування для ідентифікації досліджуваних штамів. При використанні REP-ПЛР-опосередкованого ДНК-фінгерпринтного аналізу для біотипування клебсієл спостерігали суттєву варіабельність у складі ПЛР-продуктів. Поки що залишається нез’ясованим, наскільки закономірними є виявлені нами збіг чи розбіжність у REP-ПЛР-профілях досліджуваних культур клебсієл. Ключові слова: ПЛР, ідентифікація, праймери, Bacillus, Klebsiella

Usage of polymerase chain reaction method, we have conducted control identification of the following strains: Bacillus subtilis: 090, 091, 092 (promising as the base for biopreparations of selective action); 1106, 1109, 1110 (museum cultures); Кр601, Мр 92, 81 (isolated from the soil); 572, 94, 51290, 53102 (isolated from wastewater and air samples taken from Zakarpatska Oblast agroecosystems); 1ТСL3 (isolated from the contents of a chicken’s intestine) and clinical and museum cultures Klebsiella rhinoscleromatis 230, 30; K. pneumoniae 3785, 5054, K. planticola 33558, 33531; K. terrigena 80-07 – totally, 13 strains. REP-PCR analysis has enabled us to detect general generic and specific relationship between most of the studied bacilli cultures, that proved true when using ribotyping method to identify the studied strains. When using the REP-PCRmediated DNA-fingerprint analysis for Klebsiella biotyping, the composition of PCR-products was observed to be significantly variable. So far, it remains uncertain to what extent the detected coincidence in the REP-PCR-profiles of the studied Klebsiellae cultures was regular. Key words: PCR, identification, primers, Bacillus, Klebsiella