СУЧАСНИЙ СТАН МЕТОДІВ, МОДЕЛЕЙ ТА АЛГОРИТМІВ ВАЛІДАЦІЇ І МОДЕЛЮВАННЯ ГЕННИХ РЕГУЛЯТОРНИХ МЕРЕЖ

Abstract

Подано аналіз сучасних методів валідації та моделювання генних регуляторних мереж на основі даних експресій генів, виділено їхні переваги та недоліки й сформульовано шляхи подальшого удосконалення. Генна регуляторна мережа по­дана у вигляді орієнтованого або неорієнтованого графа, при цьому вага дуги визначає силу відповідного зв’язку. Визначено шляхи підвищення ефективності реконструйованої генної мережі внаслідок застосування порівняльного аналізу синтетичних та реконструйованих ГРМ як за топологією, так і наявністю або відсутністю зв’язків між відповідними елементами мережі, при цьому враховано також характер відповідних зв’язків. Запропоновано структурну блок-схему покрокової процедури формування даних експресій генів, виділення підмножини інформативних генів, реконструкції, валідації та моделювання ГРМ, практична реалізація якої передбачає можливість застосування різних методів, що відповідають кожному із етапів. Показано, що підвищити ефективність реалізації відповідного етапу можна шляхом гібридизації моделей, що передбачає комплексне застосування різних методів та алгоритмів для підвищення достовірності прийняття рішення на відповідному етапі. Ключові слова: генна регуляторна мережа, валідація, моделювання, експресія генів, регулювальна взаємодія генів.