СУЧАСНИЙ СТАН МЕТОДІВ РЕКОНСТРУКЦІЇ ГЕННИХ РЕГУЛЯТОРНИХ МЕРЕЖ

Abstract

Проаналізовано сучасні методи реконструкції генних регуляторних мереж (ГРМ) на основі даних експресій генів, виокремлено їхні переваги та недоліки й окреслено шляхи подальшого удосконалення. Генна регуляторна мережа подана у вигляді орієнтованого або неорієнтованого графа, при цьому вага дуги визначає силу відповідного зв’язку. Розглянуто наступні методи реконструкції ГРМ: на основі аналізу кореляцій; на основі аналізу взаємної інформації між генами та/ або транскрипційними факторами; на основі мережі Байєса; на основі диференційних рівнянь; на основі регресійного аналізу. Аналіз відповідних методів дозволив зробити висновок, що сучасний стан розвитку даного напрямку визначається гібридизацією існуючих моделей, методів та алгоритмів. Застосування ансамблів методів реконструкції ГРМ сприяє підвищенню адекватності реконструйованої ГРМ біологічним генним мережам, що також сприяє кращому розумінню характеру взаємодії генів та/або транскрипційних факторів у мережі. Ключові слова: генна регуляторна мережа, алгоритм реконструкції генної регуляторної мережі, транскрипційний фактор, активуючий зв’язок, інгібуючий зв’язок, орієнтований граф, неорієнтований граф.