ТЕОРЕТИЧНІ ДОСЛІДЖЕННЯ ЩОДО ФОРМУВАННЯ ОПТИМАЛЬНОЇ ТОПОЛОГІЇ ГЕННОЇ РЕГУЛЯТОРНОЇ МЕРЕЖІ

Abstract

Подано результати теоретичних досліджень щодо формування оптимальної топології генної регуляторної мережі, яка може бути наведена у вигляді орієнтованого або неорієнтованого графа. Розглянуто топологічні параметри, комбінація яких визначає топологію мережі. Показано, що характер зміни різних топологічних параметрів у процесі розрядження мережі може суперечити один одному, що ускладнює процес оптимізації топології мережі. Визначені шляхи оптимізації топології генної регуляторної мережі, які передбачають формування структури і топології мережі за групою одиночних критеріїв, таких як коефіцієнт кластеризації мережі, щільність мережі, коефіцієнт централізації та гетерогенність із застосуванням комплексного критерію, який містить окремі критерії як компоненти на першому етапі. При цьому структура та топологія мережі формується шляхом оптимізації відповідного коефіцієнта трешолдінгу, що визначає наявність або відсутність зв’язків між відповідними вузлами. На другому етапі здійснюється оцінка відповідності мережі ступеневому закону шляхом аналізу відповідних розподілених параметрів. Ключові слова: експресія генів, генна регуляторна мережа, топологічні параметри, оптимізація топології мережі.