1. Електронний репозитарій ДВНЗ "УжНУ"
2. Факультети
3. Біологічний факультет
4. Кафедра генетики, фізіології рослин та мікробіології
5. Наукові публікації кафедри генетики, фізіології рослин та мікробіології

Title:	PGP: платформа для комплексного аналізу геномної різноманітності.
Authors:	Волфсбергер, В. Щубелка, Х.М. Олексик, О.Т. Гасинець, Я.С. Пацкун, С. Вакерич, М.М. Кіш, Р.Я. Мірутенко, В.С. Мірутенко, В.В. Которачі, К.А. Поп, К. Неагу, О. Балте, К. Герман, Х. Маре, П. Думітра, С. Папіу, Г. Герменеан, А. Олексик, Т.Х.
Keywords:	обчислювальний конвеєр, біоінформатика, геноми.
Issue Date:	2023
Citation:	Волфсбергер В., Щубелка Х., Олексик О. Т., Гасинець Я., Пацкун С., Вакерич М., Кіш Р., Мірутенко В., Мірутенко В., Которачі К. А., Поп К., Неагу О., Балте К., Герман Х., Маре П., Думітра С., Папіу Г., Герменеан А., Олексик Т. К. PGP: платформа для комплексного аналізу геномної різноманітності. Науковий вiсник Ужгородського унiверситету. Серiя: Бiологiя. 2023. Випуск 55. C. 28-34
Description:	Популяційні геномні проєкти відіграють ключову роль у глобальних зусиллях з дослідження різноманіття геномів людських популяцій. Різноманітні бар’єри ускладнюють такі ініціативи, серед яких відсутність біоінформатичних знань та відтворюваних стандартизованих методів популяційного аналізу становлять одну з основних перешкод, що обмежують їхній потенціал. Масштабовані, автоматизовані та зручні у використанні обчислювальні конвеєри можуть допомогти дослідникам із мінімальними навичками програмування подолати ці виклики без необхідності глибокого вивчення біоінформатики. PopGenPlayground (PGP) – це оптимізований обчислювальний конвеєр, що працює за допомогою єдиної команди, розроблений для аналізу геноміки людських популяцій з використанням системи управління робочими процесами Snakemake. Створений для автоматизації вторинного аналізу даних національних геномних проєктів, він використовує загальнодоступні геномні бази даних для порівняльного аналізу та анотації варіантів. PGP є мультиплатформенним і надійним обчислювальним конвеєром для популяційного аналізу, який спрощує процес аналізу та знижує вимоги до рівня знань, необхідних для проведення початкового популяційного аналізу в рамках національного геномного проєкту. PGP забезпечує комплексний інструментарій для вторинного аналізу, який можна використовувати як на персональному комп’ютері, так і на віддалених високопродуктивних обчислювальних платформах.
Type:	Text
Publication type:	Стаття
URI:	https://dspace.uzhnu.edu.ua/jspui/handle/lib/69497
Appears in Collections:	Наукові публікації кафедри генетики, фізіології рослин та мікробіології

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.